Filezillaには、一部の拡張子の種類のみ、
一括でパーミッションを変える方法がありません。

しかし、フィルターを作った上で変更する方法はあります。

1.フィルターを作る

ます、Filezillaヘッダアイコンメニューの中から、
フィルタダイアログを開きます。

次に左下の『フィルタルールを編集』ボタンをクリック。

『新規作成』をクリックし、任意のフィルタ名を入力して『OK』をクリック。

右の入力部分に、『ファイル名』、『部分一致』、『.php』と入力し、『OK』をクリック。
※これは、PHPファイルのみをフィルターで出したい時の例

2.フィルターを適用

右の枠から作成したフィルターにチェックを入れ、
『OK』をクリックします。

すると、フィルターが適用され、PHPのファイルのみが表示された状態になります。
そこで、トップディレクトリーを右クリックし、
パーミッションウィンドウを開きます。

あとは、パーミッションを入力し、サブディレクトリの適用の有無、ディレクトリへの適用の有無などを指定し、『OK』をクリック。